El Museo Municipal remonta sus orígenes al año 1979, cuando durante la alcaldía de Manuel Sender en el primer Ayuntamiento democrático, se instalaba en la primera planta del antiguo edificio de la Casa Cuartel, que hasta poco antes acogía los Juzgados de Primera Instancia de la ciudad, una exposición con la denominación de Museo de Historia, Arte y Arqueología. La colección, entonces bajo la supervisión de D. Ángel Nemesio y con la colaboración de Vicente Palomar, Enrique Valdeolivas y José Hervás, recogía un variado repertorio de objetos entre los que se incluían pinturas contemporáneas, algunos documentos históricos procedentes del Archivo Municipal, y una pequeña muestra de la arqueología comarcal compuesta por materiales recuperados en diversos yacimientos del Alto Palancia.
Después de varios años de estancamiento e inactividad, en el año 1988, ya con la denominación de Museo Municipal de Arqueología y Etnología y bajo la dirección del arqueólogo Vicente Palomar Macián, se iniciaba una nueva etapa tras una profunda remodelación del edificio y con un nuevo montaje de las colecciones de Arqueología que recorría las distintas etapas de Historia de la comarca del Alto Palancia desde la Prehistoria hasta la Edad Media, en el que los materiales arqueológicos, procedentes de Segorbe y de otros yacimientos comarcales, se exponían en cuatro salas siguiendo criterios cronológicos.
Los objetivos que se establecían en esta nueva fase se inscribían en las orientaciones museográficas aún vigentes para este tipo de instalaciones. El Museo debía ser ante todo, un centro de investigación y un lugar abierto al público en general y especialmente al mundo escolar, facilitando la comprensión de lo expuesto con paneles explicativos, dibujos, planos y esquemas que permitiesen al visitante una visión cercana y atractiva de los contenidos. Además, el Museo debía asumir una función como centro de difusión de los valores históricos y arqueológicos de su ámbito de actuación, fomentando su conocimiento, conservación y respeto por parte de todos, a la vez que facilitaba el acceso a sus fondos para investigadores y estudiosos.
En el año 1997, cumpliendo los requisitos necesarios para ello, se conseguía el reconocimiento del Museo Municipal por parte de la Generalitat Valenciana como Colección Museográfica Permanente (DOGV 2996), y dos años más tarde, en 1999, tras una nueva remodelación de las salas dedicadas a la arqueología y la inauguración de la Sección de Etnología en la segunda planta del edificio, el reconocimiento oficial como Museo (DOGV 3478 de 21/04/1999) que suponía la definitiva consolidación de nuestra institución como centro de investigación y difusión de los bienes arqueológicos y etnográficos de nuestra ciudad y de la comarca del Alto Palancia.
En la actualidad el Museo Municipal de Arqueología y Etnología de Segorbe es el único Museo reconocido por la Generalitat Valenciana (junto al de la Catedral, privado y dedicado al Arte Sacro) de la comarca, por lo entre sus funciones se encuentra la de recibir y custodiar en sus almacenes los materiales arqueológicos en depósito recuperados en las excavaciones arqueológicas realizadas en el Alto Palancia, así como la de facilitar el acceso a los mismos a los investigadores que lo soliciten.