Ya dentro de la Edad Media, la etapa islámica está ilustrada a través de los restos procedentes del yacimiento de El Chopo (Segorbe) (siglos IX al X), siendo especialmente interesante el conjunto compuesto por una olla, una pequeña jarrita, un “tabal” o tamborcillo y algunos fragmentos de hierro pertenecientes a un instrumento cortante.
También se muestra un conjunto del periodo almohade (siglos XII–XIII) formado por ollas de diverso tamaño, tapaderas, cazuelas y una jarrita que se recuperaron en el interior de un pozo localizado junto a la Plaza del Almudín de Segorbe.
En este espacio urbano, los arqueólogos han documentado la existencia de una maqbara en la que se han excavado más de 40 inhumaciones. Un grupo de tres individuos formado por un hombre, una mujer y un neonato fue trasladado hasta el museo respetando su posición original. La muerte de este grupo debió producirse de manera repentina, lo que justificaría su enterramiento conjunto.
Una pieza de gran importancia por la información que aporta es una inscripción árabe que se recuperó en la fortificación de La Rodana (Almedíjar) y que hace referencia a la finalización de unas obras.
Las excavaciones arqueológicas realizadas en el entorno de la Plaza del Alto Palancia, de la Plaza de las Monjas y calle Papa Luna, proporcionaron un interesante conjunto de vajilla de mesa correspondiente a la Baja Edad Media y a los primeros momentos de la Época Moderna entre el que encontramos platos, escudillas y jarros con diversas técnicas y motivos decorativos.